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1991 Lors du congrès de la FEN à Clermont Ferrant, des syndicats, tendances et sections départementales minoritaires de la FEN rédigent une charte, « Charte de Clermont-Ferrand ». Il s’agit de proposer un nouveau fédéralisme, différent de celui pratiqué par la direction de la FEN.

1992 Après l’exclusion du SNES et du SNEP de la FEN, lors d’un congrès extraordinaire à Perpignan, des militants (l’ensemble des signataires de la Charte de Clermont-Ferrand), refusant de se dissoudre dans un « Syndicat des Enseignants », décident de travailler ensemble au sein de Comités de Liaison Unitaire (CLU). Les CLU vont être dans bien des départements comme au niveau national, le lieu de débat sur l’avenir de la FEN, puis sur la forme de la future fédération.

La future FSU rassemble alors des syndicats déjà constitués de la FEN (SNES, SNEP…) et d’autres créés par des militants des courants de pensée « Unité et Action » et « Ecole-Emancipée » : SNUipp, SNASUB, SNICS, SNUASEN… soit les enseignants des écoles, les personnels administratifs, les infirmières et conseillères de santé, les assistantes sociales.

1993 Le 15 avril 1993, 12 syndicats nationaux lancent un appel « à la construction d’un nouveau fédéralisme revendicatif, proche des personnels, unitaire, pluraliste ». La Fédération syndicale unitaire est née. Michel Deschamps, dirigeant du SNETAP devient secrétaire général. L’activité militante est vite couronnée de succès : aux premières élections professionnelles de décembre, les syndicats du second degré maintiennent leur position et le SNUipp obtient la seconde place (il sera premier trois ans plus tard). La FSU première fédération de l’éducation nationale passe alors devant la FEN.

Mars 1994 Congrès fondateur de la FSU à Mâcon. Il définit les statuts (vote à 70% de toutes les décisions) et la plate forme revendicative.

1995 En janvier, la FSU entre au Conseil supérieur de la fonction publique de l’Etat. La FSU participe très activement à la mobilisation contre le « plan Juppé » de réforme des retraites et de la protection sociale.

1996 En décembre 1996, la FSU devient la première organisation syndicale dans la fonction publique de l’Etat. Mais la question de la représentativité se heurte à la loi Perben.

1997 En décembre, deuxième congrès de la fédération à Toulouse.

1999 Michel Deschamps démissionne de son poste de secrétaire général. Il est remplacé par Monique Vuaillat et Daniel Le Bret. L’année suivante, Daniel Le Bret quittant ses fonctions est remplacé par Pierre Duharcourt.

2001 Lors du congrès de la Rochelle, la FSU étend son champ de syndicalisation à l’insertion professionnelle en accueillant le SNU-ANPE. Gérard Aschieri devient secrétaire général.

Elle lance un appel à la constitution de Comités de Liaison Unitaires Intersyndicaux sans rencontrer de réponse suffisante de la part des autres organisations syndicales. La FSU, constatant que le SNETAA, en dépit d’ultimes tentatives de conciliation, ne remplit plus les conditions pour être membre de la fédération, crée un nouveau syndicat des lycées professionnels : le SNUEP.

2003 La FSU est un des principaux moteurs de l’action contre la réforme des retraites et la décentralisation.2004 En février 2004, lors du congrès de Perpignan, la FSU s’ouvre aux trois fonctions publiques. Plusieurs syndicats (territoriale, agriculture, environnement…) issus de la CFDT ont choisi de rejoindre la FSU entre 2001 et 2004.

2005 La FSU prend toute sa place dans la lutte contre le CPE.

2007 Congrès de Marseille

2010 Congrès de Lille